Ήταν Σεπτέμβριος του 490 π.Χ., οι Αθηναίοι από την εποχή του Κλεισθένη εξέλεγαν κάθε χρόνο 10 στρατηγούς που αναλάμβαναν την διακυβέρνηση του στρατού εκ περιτροπής ανά ημέρα. Ένας 11ατος ήταν ο πολέμαρχος που είχε δικαίωμα να οδηγεί την τιμητική δεξιά πτέρυγα στην μάχη και να προεδρεύει στην ψηφοφορία στο πολεμικό συμβούλιο. Δύο από τους στρατηγούς ήταν ο Μιλτιάδης και ο Αριστείδης. Όταν μαθεύτηκε ότι οι Πέρσες έφτασαν στον Μαραθώνα η κατάπληξη των Αθηναίων πρέπει να ήταν μεγάλη αν σκεφτούμε το πλήθος των εχθρών καθώς και την άλωση της Νάξου και την καταστροφή της Ερέτριας οι οποίες προηγήθηκαν. Οι στρατηγοί έστειλαν τον Φειδιππίδη στην Σπάρτη να ζητήσει βοήθεια ο οποίος λέγεται ότι έφτασε πεζός μέσα σε 48 ώρες. Η απάντηση των Λακεδαιμονίων που συζητείται ακόμα και σήμερα αν ήταν όντως πραγματική ή υπεκφυγή ήταν ότι θα έστελναν βοήθεια αλλά μετά 5 ημέρες και ο λόγος ήταν η ένατη μέρα της σελήνης και απαγορευόταν από αρχαίους νόμους να εκστρατεύσουν.

Στο πολεμικό συμβούλιο που έγινε στο Μαραθώνα οι Μιλτιάδης και Αριστείδης υποστήριξαν ότι πρέπει να πολεμήσουν χωρίς αναβολή, αλλά οι υπόλοιποι θεώρησαν ότι έπρεπε να περιμένουν τους Σπαρτιάτες. Στο τέλος μετά από λογομαχίες οι γνώμες μοιράστηκαν και την λύση έπρεπε να δώσει ο πολέμαρχος Καλλίμαχος. Πανέξυπνος τότε ο Μιλτιάδης επενέβη και έπεισε τον Καλλίμαχο ότι αν αργούσαν να επιτεθούν προδότες θα μπορούσαν να πάνε με το μέρος του Ιππία τυράννου των Αθηναίων που βρισκόταν με το μέρος των Περσών. Έτσι η μάχη συμφωνήθηκε και μάλιστα συνέπεσε με την μέρα που την αρχιστρατηγία σύμφωνα με τον νόμο θα έπαιρνε ο Μιλτιάδης.

Συνέβη όμως εκείνες τις κρίσιμες ώρες και ένα γεγονός που συγκίνησε τους Αθηναίους καθώς εγκαταλελλειμένοι από όλη την Ελλάδα έμαθαν ότι κατεβαίνουν από την Πάρνηθα και την Δεκέλεια βαδίζοντας προς τον Μαραθώνα 1.000 οπλίτες. Οι άντρες αυτοί ήταν όλη η δύναμη των Πλαταιέων που ήλθαν μόνοι αυτοί από τους Έλληνες για να συμμετάσχουν στον αγώνα. Αλλά και με την μικρή αυτή βοήθεια η Ελληνική δύναμη δεν ξεπερνούσε τους 10.000 οπλίτες. Σε αντίθεση ο Περσικός στρατός οδηγούμενος από τον Αρταφέρνη, Δάτι και τον προδότη Ιππία ήταν ασύγκριτα μεγαλύτερος.

Μεταγενέστεροι συγγραφείς αναφέρουν 110.000, ενώ άλλοι τον ανεβάζουν σε 300.000 πράγμα υπερβολικό. Ο Ηρόδοτος που είναι πλησιέστερος στα πράγματα δεν αναφέρει την δύναμη του περσικού στρατού, λέει όμως ότι ο περσικός στόλος αποτελείτο από 600 τριήρεις οι οποίες μπορούσαν να μεταφέρουν 40.000 άντρες. Το διάστημα που χώριζε τους δυο στρατούς ήταν 5.000 πόδια. Το άριστο τμήμα του περσικού στρατού (ιθαγενείς και πέρσες) και οι Σάκες παρατάχτηκαν στο κέντρο που θεωρούνταν η ποιο τιμητική θέση στην οποία στεκόταν και ο ίδιος ο βασιλιάς όταν παρευρισκόταν στην μάχη.

Στους Έλληνες αντίθετα η τιμητική θέση ήταν η δεξιά πτέρυγα στην οποία τώρα αρχηγός ήταν ο Καλλίμαχος. Οι οπλίτες παρατάσσονταν κατά φυλές σύμφωνα με τον αριθμό που πήραν εκείνη την χρονιά, γιατί κάθε χρόνο οριζόταν με κλήρο η παράταξη των φυλών στη μάχη. Τελευταίοι στην αριστερή πτέρυγα στέκονταν οι γενναίοι Πλαταιείς με τον βασιλιά τους Αείμνηστο. Ο Μιλτιάδης θεώρησε σωστό να αραιώσει το κέντρο της ελληνικής παράταξης και να πυκνώσει τις πτέρυγες ώστε να υπερισχύσει με αυτές. Στο ελληνικό κέντρο στέκονταν οι δυο φυλές Λεοντίς και Αντιοχίς στις οποίες στρατηγός ήταν ο Αριστείδης και αποτελούνταν κυρίως από οπλίτες ελαφρά οπλισμένους χωρίς όμως ιππικό ούτε και τοξότες.

Σύμφωνα με την θρησκευτική συνήθεια των Ελλήνων ο πολέμαρχος πρόσφερε θυσία στους θεούς και ακολούθως ο Μιλτιάδης μίλησε στους οπλίτες και τους ζήτησε να επιτεθούν τρέχοντας για να αποφύγουν τις απώλειες από τα βέλη και το περσικό ιππικό. Το σήμα δόθηκε και το Ελληνικό κέντρο κινήθηκε με ταχύτητα προς την περσική παράταξη.

Οι Πέρσες απόρησαν βλέποντας τους λίγους ελαφρά οπλισμένους άνδρες να επιτίθονται χωρίς ιππικό και τοξότες και νόμισαν ότι τρελάθηκαν. Και άρχισαν να πετούν βροχή από βέλη, αλλά η ελληνική παράταξη λόγω του ότι ήταν ελαφρά οπλισμένη και τα αμυντικά όπλα των ανδρών κράνη, θώρακες, κνημίδες ασφαλή ώστε τα βέλη έπεφταν στη γη ή στο χαλκό με αποτέλεσμα μέσα σε λίγα λεπτά οι Έλληνες οπλίτες να φτάσουν το περσικό μέτωπο. Η σύγκρουση ήταν φοβερή ιδίως στο αραιό ελληνικό κέντρο που δεχόταν τρομερή πίεση με τον Αριστείδη να κάνει ότι μπορεί έχοντας απέναντι του τους Πέρσες και τους Σάκες που ήταν οι καλύτεροι και ποιο καλά οπλισμένοι πολεμιστές. Εδώ πολεμούσε σαν απλός στρατιώτης και ο Θεμιστοκλής. Μετά από πεισματώδη μάχη η Ελληνική δύναμη αναγκάστηκε σε υποχώρηση και οι Πέρσες άρχισαν να τους καταδιώκουν στα ψηλότερα σημεία της πεδιάδας.

Οι δύο όμως άλλες ελληνικές πτέρυγες δεν πτοήθηκαν και συνέχισαν να πιέζουν μέχρι που η δεξιά αλλά και αριστερή πλευρά της περσικής παράταξης τράπηκε σε φυγή. Πανέξυπνα τότε ο Μιλτιάδης αντί να καταδιώξει σύνταξε τις πτέρυγες και με όλη του την δύναμη έπεσε πάνω στο νικηφόρο κέντρο των Περσών το οποίο δεχόμενο επιθέσεις από παντού τράπηκε σε φυγή και τότε μόνο ο Μιλτιάδης διέταξε γενική καταδίωξη.

Επικράτησε πανικός καθώς πολλοί πανικόβλητοι Πέρσες έπεσαν στο έλος και πνίγηκαν. Οι υπόλοιποι κατέφυγαν στα πλοία για να σωθούν. Οι Έλληνες ακολουθούσαν και έσφαζαν στην κυριολεξία. Στην παραλία έγινε νέα μάχη καθώς οι Πέρσες αγωνίζονταν για την ζωή τους πλέον με τους Έλληνες να προσπαθούν να κάψουν τα περσικά πλοία. Σε αυτή την μάχη έπεσε ο Καλλίμαχος και ένας από τους στρατηγούς ο Στησίλαος. Εδώ ο Κυνέγειρος ο αδελφός του Αισχύλου άρπαξε ένα πλοίο με το χέρι από την πρύμνη και του το έκοψαν με τσεκούρι. Μετά από πολύωρη μάχη οι Πέρσες απέκρουσαν τις επιθέσεις και κατόρθωσαν να αποπλεύσουν. Ενώ οι Αθηναίοι κυρίευσαν 7 πλοία. Αντί όμως οι Πέρσες να αποχωρήσουν έπλευσαν προς το Φάληρο με σκοπό να επιτεθούν στην ανυπεράσπιστη Αθήνα. Ο Μιλτιάδης αφήνοντας την Αντιοχίδα φυλή να φυλάξει τα τρόπαια πήρε τον υπόλοιπο στρατό και προχώρησε από την Σταμάτα και την Κηφισιά προς την πόλη και στρατοπέδευσε στις Κυνοσαργές στις όχθες του Ιλισσού μετά από 7 ώρες πεζοπορίας.

Ο Περσικός στόλος βλέποντας ότι το ύψωμα έχει καταληφθεί αποχώρησε το ίδιο βράδυ ενώ αργά την νύχτα έφτασαν και οι Σπαρτιάτες που δεν ήταν παρά μόνο 2.000 άνδρες. Ο Ηρόδοτος αναφέρει ότι οι πεσόντες ήταν 6.400 Πέρσες και 192 Έλληνες. Τα λάφυρα ήταν τόσο πλούσια ώστε με την δεκάτη που καθιερώθηκε ο Φειδίας έφτιαξε το χάλκινο άγλαμα της Αθηνάς προμάχου που στήθηκε στην Ακρόπολη και έγιναν αφιερώσεις στην Άρτεμις και τον Απόλλωνα καθώς και στο μαντείο των Δελφών.

Ενώ τιμήθηκαν και οι πεσόντες Αθηναίοι και Πλαταιείς αφού στήθηκε τύμβος προς τιμήν τους με τα ονόματα τους κατά φυλή. Ήταν μάλιστα τόση η ευγνωμοσύνη των Αθηναίων προς τους Πλαταιείς ώστε από τότε πάντα τους μνημόνευαν και τους τιμούσαν.